Первые военные действия, в которых М.Е. Жданко пришлось принять участие во время работы на Дальнем востоке – военные события, связанные с Ихэтуаньскими восстаниями, вызванными недовольством интервенцией (в том числе российской) в Китай. Жданко принимал участие в Китайском походе 1901 г. Однако пока не удалось найти более подробную информацию о его участии и жизни в этот период.

Во время Русско-Японской войны 1904-1905 гг. работа экспедиции приостановилась. Большинство офицеров отправились на военные суда, и многие из них погибли. На войну отправили и судно «Ермак», которое, к сожалению, там погибло. На этой же войне погиб и клипер «Разбойник», на котором молодой Михаил Жданко совершил свое кругосветное путешествие. Полковник М.Е. Жданко во время войны руководил навигационно-гидрографическим обеспечением действий русского флота. Он заведовал наблюдательными постами по всему юго-восточному побережью от Николаевска-на-Амуре до границы с Кореей. Также в его обязанности входило руководство работами по очистке фарватеров от мин. До войны Гидрографическая экспедиция Восточного океана состояла из 73 человек, а после окончания войны в ней осталось всего шестеро: М.Е. Жданко и еще 5 матросов.
По окончании войны, с 25 сентября 1905 г. Жданко еще несколько месяцев временно исполнял обязанности командира Сибирского флотского экипажа. Только 23 апреля 1906 г. он вернулся к обязанностям начальника ГЭВО.

По окончании войны, с 25 сентября 1905 г. Жданко еще несколько месяцев временно исполнял обязанности командира Сибирского флотского экипажа. Только 23 апреля 1906 г. он вернулся к обязанностям начальника ГЭВО.

«Гидрографические исследования наших владений по прибрежьям Тихого океана были произведены преимущественно морскими экспедициями, начало которым положил великий преобразователь России - Петр Первый... Здесь вы изволите видеть карту лимана реки Амур, обнимающей все пространство от Де-Кастри до Охотского моря. Это не та новая карта, которая составлена на основании наших работ. Та карта отослана в Петербург, чтобы с нее к навигации этого года могли быть изданы новые литогравированные карты лимана. Здесь же вы изволите видеть карту, составленную специально для данного сообщения. Это прежняя карта лимана Амура по описи Невельского и Лаперуза, на которую нанесен контур берегов и Сахалинский фарватер с нашей новой карты в том же, конечно, масштабе. Синим обозначен берег по старой карте, красным - по новой, на основании работ нашей экспедиции. Как изволите видеть, несогласия в иных местах значительные, в особенности берега Сахалина...» - сообщал М.Е. Жданко.

Главные опорные пункты для последующей съемки местности и создания карты определялись астрономически. Далее, опираясь на астрономические расчеты, на земле устанавливались «сигналы» и «знаки», уже опираясь на которые производилась морская съемка для поверки и исправления существующих карт. Параллельно велась съемка островов, участков берега, бухт. Также создавалось описание местности, в том числе с применением фотографии. Кроме того, проводился шлюпочный промер бухт и проливов. На берегу велись наблюдения по футштоку для получения высоты и часов приливов и отливов. На всех якорных стоянках судна измерялись течения. Постоянно зарисовывались виды берегов. Ежедневно в определенные часы велись метеорологические наблюдения. Во время морских переходов каждый час измерялись температура и удельный вес морской воды у поверхности. В местах длительных стоянок Жданко проводил магнитные измерения. Как видно из вышесказанного, М.Е. Жданко, как увлеченный исследователь и опытный руководитель, не ограничивался только своим основным заданием, а старался провести максимально возможное количество самых разнообразных исследований и собрать как можно больше материала для дальнейшей обработки и изучения.
В результате, под руководством М.Е. Жданко были создано множество карт ранее неисследованных районов Тихого океана и дальневосточных морей, многочисленные планы береговой линии Японского и Охотского морей. Помимо карт и большой базы данных наблюдений, по результатам работ составлялись необходимые в то время так называемые «Наставления» для плавания в различных местах, например, в Сахалинском фарватере.

Этот маяк довольно быстро построили, там, где и предлагал Жданко, на южном берегу острова Коровий. Этот остров был самым подходящим местом для установки маяка: он находится на середине северного побережья Охотского моря, а рядом в бухтах Беринга и Шестакова можно спрятаться от шторма любого направления. Остров переименовали в остров Спафарьева: Леонтий Васильевич Спафарьев внес огромный вклад в развитие маячного дела и в начале XIX века почти 20 лет заведовал всеми маяками Финского залива.
Вот, что М.Е. Жданко писал о будущем маяке: «Его нужно поставить на южном берегу, на таком месте, чтобы он светил не только в море, но и в глубь Тауйской губы. При нем нужно поставить и сирену, так как Охотское море - царство туманов, и пусть этот первый в Охотском море маяк, носящий имя того, кто правильно поставил маячное дело в России, будет первым светочем в Охотском море, вслед за которым загорятся и другие: зажгутся маяки, маячные и портовые огни, светящиеся бакены, которые облегчат и обезопасят мореплавателю его тяжелую и ответственную службу в суровом, бурном и негостеприимном Охотском море».
Маяк Спафарьева, конечно, уже перестроенный, находится в этом месте и сегодня как наглядное свидетельство работы ГЭВО на Дальнем Востоке.
Нет никаких сомнений, что работа ГЭВО под руководством Михаила Ефимовича, как и он сам, внесли огромный вклад в исследования и развитие Дальнего Востока.