Гидрографическая экспедиция Восточного океана
03.01.1898 (42 года) Приказом по Морскому министерству Отдельная съемка Восточного океана реорганизована в Гидрографическую экспедицию Восточного океана. Приказом по флоту № 164 от 5 января начальником Гидрографической экспедиции Восточного океана назначен капитан Корпуса флотских штурманов М.Е. Жданко.
К моменту его прибытия в этом районе были хорошо изучены лишь залив Петра Великого в Японском море и отдельные участки Охотского и Берингова морей
05.04.1898 (42 года) Произведен в подполковники
1989 (44 года) Рапорты начальника Гидрографической экспедиции Восточного океана подполковника Жданко Командующему эскадрой в Тихом океане с изложением соображений о гидрографических работах в Желтом море и Восточном океане.
1899 -1901 (44 - 46 лет) Участвовал в военных событиях в период Ихэтуаньского восстания, боксерского восстания в Китае
1901 (45 лет) Рапорт начальника Гидрографической экспедиции Восточного океана подполковника М.Е. Жданко от 3 июня 1900г. о промерных работах экспедиции в районе группы островов Элиот в Желтом море и о задержании вооруженных китайских джонок.
24.01.1901 (44 года) Награждён одной из самых почётных наград Императорского Русского Географического общества – Золотой медалью имени графа Ф.П. Литке, которая присуждается за новые и важные географические открытия в Мировом океане и полярных странах и важнейшие береговые наблюдения.
1901 (46 лет) Участник Китайского похода 1901 года.
1901-1902 (46 - 47 лет) Занимался исследованием и описанием Квантунского полуострова, всех заливов и бухт, островов Блонд, Умело и Бурчер: поверялись и исправлялись существующие карты, создавались карты неописанных участков, зарисовывались или фотографировались берега, исследовались течения, велись ежечасные наблюдения за температурой и удельным весом морской воды на поверхности моря, соленостью воды, метеорологические наблюдения. В результате составлялись наставления для плавания (например: «Наставление для плавания Сахалинским фарватером», «Наставление для плавания в устье Ялу»).
06.04.1903 (47 лет) Произведён в полковники
1904 (49 лет) Во втором выпуске 9-го тома отчетов ИРГО напечатан доклад М.Е. Жданко, прочитанный в музее Общества изучения Амурского края: «Гидрографические работы русских моряков в водах Тихого океана».
Публикуется таблица «Время вскрытия и замерзания некоторых заливов, бухт и рек в пределах Приморской области и отчасти вне её».
1904 -1905 (49 - 50 лет) Участник русско-японской войны:
Руководил навигационно-гидрографическим обеспечением действий русского флота: заведовал наблюдательными постами по всему юго-восточному побережью от Николаевска-на-Амуре до границы с Кореей. В его обязанности также входило также руководство работами по очистке фарватеров от мин.
26.09. – 08.12.1905 (49 лет) ВРИО командира Сибирского флотского экипажа.
23.04.1906 (50 лет) Вернулся к обязанностям начальника Гидрографической экспедиции Восточного океана
1907 (52 года) Произведен в генерал-майоры
С 1907 года стал ежегодно делать в ИРГО сообщения о проделанных работах
1908 (53 года) С 1908 года руководил обширными гидрографическими исследованиями в Японии, Охотском и Беринговом морях. Выполнил первые гравиметрические измерения на берегах Жёлтого и Японского морей, занимался гидрологией.
В июле и августе 1898 г проведена опись всего Сахалинского фарватера, очень важного для мореплавания в этом районе, за два рейса маленького транспорта «Тунгуз».
18.05.1908 (52 года) На юбилейном заседании Общества изучения Амурского края предложил весь сбор от продажи брошюры с материалами этого заседания отдать в фонд установки памятника адмиралу Невельскому в Николаевске-на-Амуре.
1908-1910 (53 -55 лет) Рапорты начальника гидрографической экспедиции Восточного океана генерала-майора М. Е. Жданко в ГГУ с представлением карты Японского моря и наблюдений за течениями.
29.12.1908 - 28.12.1909 (53 - 54 года) Генерал-майор М.Е. Жданко командирован в Петербург для участия в комиссии по вопросу комплектования личным составом экспедиций и съёмок. По окончании комплектования вернулся на Дальний Восток.
1909 - 1911 (54 - 56 лет) За три навигации 1909 - 1911 гг. гидрографы составили новый подробный план Авачинской бухты и Петропавловской гавани, обследовали западное и восточное побережья Камчатки, осмотрели часть побережья Охотского моря. Морскими промерами было охвачено 25 тысяч верст, а шлюпочными - 10 тысяч.
18.04.1910 (54 года) Награжден орденом Святого Станислава 1 степени
1910 (55 лет) Будучи генералом, провел познавательную экскурсию – однодневный выход в Уссурийский и Амурский заливы для старшеклассников Владивостокского коммерческого училища. Юношам на практике была показана работа всех научных приборов и произведены пробные траления. О чем была написана статья в газете «Далёкая окраина».
1907 - 1913 (52 - 58 лет) Гидрографическая экспедиция под руководством Жданко исследовала сахалинский фарватер, побережья Квантунского полуострова и Желтого, Японского и Берингова морей, Приморья, берегов Камчатки и Охотского моря, Татарский пролив. Была проведена опись Желтого моря, Сахалинского фарватера и фарватера Невельского, определен целый ряд астрономических пунктов побережья.
Впервые на Дальнем Востоке Жданко применил фотографию при описании прибрежной полосы. Жданко продолжил исследования земного магнетизма, астрономические наблюдения, дополняя их исследованиями силы тяжести. Во время плаваний производились многочисленные наблюдения за течениями, исследования земной рефракции, измерения солёности и температуры воды.
Результатом гидрографических работ стали ряд новых карт Японского и Охотского морей и многочисленные планы береговой линии. Был определён новый, более удобный фарватер в устье Амура. Созданы многочисленные карты, ранее неисследованных районов Тихого океана и дальневосточных морей.
Выполнены первые гравиметрические измерения на берегах Жёлтого и Японского морей.
Нанесены на карту и названы большинство самых распространенных топонимов вокруг Магадана.
Изучены течения Японского и Охотского моря при помощи бутылочной почты. Из более чем 10000 бутылок с записками вернулись 219, что позволило составить карты, позже оказавшиеся вполне правдоподобными.
1912 (57 лет) Произведен и генерал-лейтенанты
06.04.1912 (56 лет) Выступил во Владимирском морском собрании в Санкт-Петербурге с докладом об исследовании морских течений.
Февраль 1913 (57 лет) Зачислен в Корпус гидрографов